90001通常指ISO9001：2015，16949指IATF16949：2016，它们的区别主要体现在以下方面：
90001是ISO9001：2015年发布的，而16949是IATF16949：2016年发布的，2016年版本在各方面比2015年的更详细。
ISO9001不分行业和规模，无论是汽配、化工、医药行业，还是政府部门等都适用；IATF16949仅限于汽车行业，涵盖整车厂、主机厂、零部件厂及相关服务件等领域。
ISO9001是一般的技术要求；IATF16949有明确具体的技术规范要求，其核心是五大工具和五大手册，如APQP、FMEA、MSA、PPAP、SPC ，要求相对更高。
ISO9001按照ISO组织国际标准化要求和认监委的规定，运行时间不得少于3个月；IATF16949按照IATF规定运行时间为12个月，要求更为严格。
ISO9001认证机构较多，2006年10月整顿后国内有117家；IATF16949全世界仅有46家认证机构，在汽车行业发达的国家数量也较少，体现出其认证的权威性和严格性。
ISO9001是ISO国际标准化组织单方面要求和认可；IATF16949不仅需ISO国际标准化组织认可，还需IATF认可，属于双重认可。通过了IATF16949意味着也通过了ISO9001，但反之不成立。
ISO9001没有具体的技术规范要求，对培训老师的技术要求相对较低；IATF16949有非常具体的技术规范要求，要求培训老师非常熟悉生产流程等。
