迭代微尘「寺庙里来了个由贵妃」主要讲述了穿越者“我”与由心在寺庙相遇后发生的一系列故事：
“我”与由心的相遇：
由心是当今皇上最宠爱的贵妃，她来到寺庙借地方烧菜时，意外发现“我”也是穿越者。“我”比她早来十几年，曾撰写医术兵法、辅佐当今圣上登基，如今却在这寺里做烧饭的老尼。
由心对“我”的现状感到不可思议，认为“我们这样的人，拥有着新时代的眼界和知识，就应该在这旧社会里成就一番事业”，她劝“我”跟她一起干大事，但“我”以“人各有活法，老尼身弱体残，只想落得个清闲”为由拒绝了她。
由心的执拗与“我”的拒绝：
由心从梯子上摔下去摔断了腿，夜里趁皇上打盹溜出来寻“我”，想让“我”帮她对付排挤她的后妃，一起教化后宫女子，但“我”依旧拒绝，表示早已皈依佛门，这些俗事插手不得。
由心对“我”越发不礼貌，她问“我”之前是做什么工作的，“我”陷入回忆，想起自己曾是十九岁的大学生，来到这里后跟在十三王爷身边，助他站稳脚跟。
由心的理想抱负与对皇上的倾慕：
由心伤了腿后，常常杵着拐杖来找“我”聊天，让“我”讲从前的事。她表示自己喜欢皇上，想留在宫里辅佐他建设更好的江山，同时获得他的爱。
“我”认为她想要的太多，既要有理想抱负，还要有皇上的爱，这世上很难两全，但由心不听，她认为爱是两个人的事，而她的理想关乎天下，她要辅佐皇上建设更好的江山，到那时，皇上也就更离不开她了。
由心的风光与孤独：
由心的腿养好之后，皇上带她回宫。她办女子学堂，讲新时代的新观念，惹得大臣震怒，但皇上纵着她；她给皇上编了整本治国论，内容皆是后世名家所著，震惊朝野，皇上夸她是天降奇才，赏赐数不尽的财宝。
由心常常会叫人送信与“我”，做出成绩了同“我”炫耀，遭人背后算计了和“我”诉苦，“我”每一封都看过，却未写一封回信，只因“我”的生活乏善可陈，且知道她如今在这有多风光，就有多孤独，好多真话她跟别人都讲不得。
“我”对由心的担忧与回忆：
静年师太说“我”最近心不定，让“我”去抄写佛经。“我”在抄写佛经时，心却不定，由心寄来的信勾起了“我”太多回忆。
“我”想起曾经与十三王爷的过往，他曾让“我”忍耐，先做他的侧妃，等坐上皇位再让“我”做皇后，“我”不满，最终与他分道扬镳。
由心的命运与“我”的祈祷：
宫里传来消息，皇上下月要废后，改立由贵妃为后，封后大典就在寺庙所在的寺院举行，“我”脚下一软，有点恍惚，感慨由心的命比自己的好。
由心后一封信来问如何医治肺炎，太后病重，太医皆无能为力，皇上将太后寝宫封锁，由心却要给她治病。“我”有一种不好的预感，第一次提笔写了回信，要她莫插手此事，但由心还是找了理由出宫来找“我”，她不愿意相信太医院知道怎么治这种肺炎而皇上不给太后煎药，“我”告诉她皇上自该为他的利益着想。由心闭上了眼，问如果有一天她也威胁到皇上，或是没有价值了，他也会这样对她吗。
