《东方神灵庙 ～ Ten Desires.》剧情承接东方星莲船，围绕幻想乡神灵异变展开，核心冲突是圣德太子转生的丰聪耳神子与命莲寺的纠葛。
故事背景与异变起因在圣白莲等人进入幻想乡并建立命莲寺后，大量小神灵突然涌现，这些神灵虽力量微弱，但数量庞大且行为异常，给幻想乡居民带来诸多困扰。为调查此次异变，玩家可从博丽灵梦、雾雨魔理沙、东风谷早苗、魂魄妖梦四位角色中选择其一展开行动。此次异变的核心矛盾并非单纯的神灵失控，而是与命莲寺的选址直接相关。
第六面BOSS丰聪耳神子的设定与动机第六面BOSS丰聪耳神子的原型为日本飞鸟时代的圣德太子，其历史原型以政治才能与佛教推广闻名，但在游戏中被赋予道教修行者的身份。她为追求不老不死，放弃原本的佛教信仰，转而修行道教，并通过尸解仙仪式舍弃肉体，长眠于灵庙之中。然而，当她苏醒时，发现命莲寺恰好建在其灵庙正上方，导致复活仪式受阻。这一设定将历史人物与幻想乡的规则结合，既保留了圣德太子的文化符号，又通过“尸解仙”“灵庙”等道教元素构建了冲突逻辑。
异变解决的关键逻辑神子的复活受阻并非因命莲寺的恶意破坏，而是因灵庙与寺庙的空间重叠导致灵力紊乱。玩家角色需通过战斗或对话揭示这一真相，最终可能通过调整命莲寺的布局或协助神子完成仪式来平息异变。这一结局既体现了幻想乡“异变需通过非常规手段解决”的传统，也暗含对宗教信仰与空间权力的隐喻——不同信仰体系的碰撞可能引发超自然危机，而理解与调和是化解矛盾的关键。
