《棋魂》有日本原版动画和中国翻拍网剧两个主流改编版本，核心均讲述主角在千年棋魂的陪伴下接触围棋、逐步成长为优秀棋手的励志故事，两个版本核心框架一致，细节略有区别。
日本原版动画的故事为：六年级小学生进藤光在爷爷家阁楼翻出旧棋盘，意外释放了平安时代天才棋士藤原佐为的千年棋魂。视围棋为生命的佐为无法直接接触现实，只能依附进藤光下棋，二人在此过程中结识了围棋神童塔矢亮。进藤光最初只是帮佐为对弈，后来在佐为的影响和对弈的乐趣中逐渐爱上围棋，棋艺不断提升，也在与塔矢亮的互相竞争中摆脱依赖、学会独立成长，最终成功成为职业棋手，动画还推出了承接主线剧情的特别篇《通往北斗杯之路》。
中国翻拍网剧改编自同名原作漫画，做了本土化细节调整：主角换为时光，千年棋魂设定改为南梁第一棋手褚嬴。时光在旧棋盘结识褚嬴后，在其指导下接触围棋，与围棋天才俞亮成为互相追赶的宿敌，从依赖褚嬴指导到凭借自身努力与热爱成长，最终和俞亮一同入选国青队，完成围棋心愿的褚嬴也最终消散离开。整个故事围绕围棋少年的成长展开，兼顾了梦想与陪伴的内核。
