《辉光翼战记·天空的由弥那》的主要故事情节如下：
学业不佳的女主角：翠下弓那是神抚学园二年级的学生，由于学业表现不佳，她身处一个充满压力的学习环境。她被寄予厚望，在星徒会淘汰赛中获胜，升任会长后有机会改变某些规则。
转校生的出现：朱岛歩武作为转校生来到学园，他的转学出于父亲的奇想，认为弓那是世界的守护者。尽管歩武并不相信这个说法，但他与弓那相识后，两人逐渐成为了朋友。然而，由于性格差异，他们经常争吵。
留级危机：考试当天的暴力事件使弓那面临留级的危机。这时，辩论部部长黑河云母提出了一个解决方案：只要在星徒会淘汰赛中获胜，成为会长，就能掌控所有权限，挽救弓那的学业。
参加星徒会大战：在云母的推动下，歩武和弓那决定参加星徒会大战。他们通过「Ethereal System」，一个能将语言实体化的系统，与各种社团和委员会进行激烈的辩论对决。
强大的对手：在比赛中，他们遇到了强大且各具特色的对手，包括不负责任的选民和神秘的蓝。这些对手给他们的比赛带来了极大的挑战。
决战与梦想：最终，歩武和弓那将走向与现星徒会长的决战。在这场决战中，他们不仅要用力量去对抗对手，更要用情感去感染对方。他们的目标是实现自己的梦想，同时也为弓那挽救学业。
