瑞丽市疾病预防控制中心是瑞丽市人民政府设立的非营利性公益性一类事业单位，隶属于瑞丽市卫生健康局。 其前身为始建于1953年4月6日的瑞丽市防疫站，于2003年3月4日改制成立。 中心主要承担全市疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进等公共卫生职责。 作为边境地区的疾控机构，它还负责中缅联防联控等工作。中心内设行政办公室、财务室、传染病防制科、免疫规划科、检验科等10个内设机构（职能部门），拥有一支包括正高级3人、副高级7人、中级25人的专业技术人员队伍。 中心新址位于瑞丽市姐勒水库南面（卯喊路延长线北侧），总占地面积9.79亩，综合业务用房建筑面积7664.5平方米，老址边城街140号已停用。
2022年2月18日，中心购入的基因测序设备投入使用，成为云南省首个具备基因测序能力的县级市。 2021年7月，云南省疾控中心将全基因组测序平台前移至瑞丽抗疫一线，中心协助完成了平台搭建并连夜开展测序工作。 2023年，中心获德宏傣族景颇族自治州成立70周年“建设边疆、保卫边疆”先进集体称号。 2025年，中心副主任刘鑫获“全国卫生健康系统先进工作者”称号，其还曾获德宏州五一劳动奖章。 2025年3月20日，瑞丽市2025年疾病预防控制工作会议在中心召开。
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