“小三通”金门港旅运中心位于金门县金城镇原水头码头附近，于2026年1月15日投入试营运。该中心为地上4层钢构建筑，总楼地板面积35,946.54平方公尺，高峰时段每小时双向可容纳2,800人次通关，年旅客量评估最高可达350万人次。
“小三通”客运航线是两岸特别是闽台民众交流往来的重要通道之一。在“小三通”客运航线通航25周年之际，该旅运中心的试营运有助于加强航运能力，提升旅客服务体验，推动“小三通”再升级。 截至2026年2月5日，“小三通”客运航线累计客运量已超过2600万人次，其中连接厦门与金门的厦金航线客运量超过2300万人次，占“小三通”客运总量的九成以上。 2026年2月，大陆宣布恢复上海居民赴金门旅游，首批上海旅游踩线团于同年4月27日抵达金门，金门县副县长陈祥麟评价此为“金门旅游发展的重要新起点”。 金门县长陈福海表示，盼旅运中心启用为两岸建立新里程碑。
2026年8月3日，在“小三通”通航25周年之际，历经半年试营运后，金门港旅运中心正式启用。 超过200名官员及两岸代表共同见证启用典礼，金门副县长陈祥麟表示，新旅运中心象征“小三通”正式迈入新阶段。
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