从农行卡转到余额宝10000元被扣5元手续费的原因可能并非直接来自余额宝转入过程，而是与银行卡或支付宝的相关政策有关。以下是对此情况的详细分析：
一、余额宝转入一般无手续费
通常情况下，将资金从银行卡转入余额宝是不需要支付手续费的。余额宝作为一种货币基金产品，其设计初衷就是为了方便用户进行零钱管理和增值，因此转入过程往往是免费的。
二、可能的手续费来源
银行卡快捷支付限额或费用：部分银行在通过快捷支付方式进行大额转账时，可能会收取一定的手续费，或者当转账金额超过一定限额时，银行可能会加收额外费用。因此，这5元手续费可能是由农行因快捷支付限额或相关政策而收取的。
支付宝相关政策：虽然余额宝转入通常免费，但支付宝可能会根据用户的转账行为、账户情况等因素，对特定情况收取手续费。例如，如果用户频繁进行大额转账，或者账户存在异常行为，支付宝可能会根据相关政策进行收费。然而，这种情况较为少见，且通常会有明确的通知或提示。
三、建议与解决方案
综上所述，从农行卡转到余额宝被扣5元手续费的情况可能并非直接由余额宝导致，而是与银行卡或支付宝的相关政策有关。用户应通过确认转账详情、咨询客服等方式，了解并合理规划转账行为。
