本片改编自蜡笔小新2002年剧场版，主角蜡笔小新在故事中退居配角，战国武将与公主之间的一段悲恋成为主线。
天正二年，春日国有一位无敌的武士，井尻又兵卫，人称“鬼之井尻”，战场无人不惧。他与春日国公主廉姬是青梅竹马，但由于身份之差，两人将爱意深深隐藏。
一次战斗中，敌方火枪手趁机射出致命一枪，关键时刻，未来少年川上真一突然出现，弹开子弹，又兵卫奇迹般保住了性命。真一来自未来，见到廉姬后大吃一惊，发现她与自己梦中的女子长得一模一样。廉姬命又兵卫照顾真一，两人相处后，又兵卫渐渐向真一敞开心扉。
某天，北关东大名大仓井高虎来到春日城求娶廉姬，以联姻保全春日国。廉姬虽不情愿，但还是答应了婚事。又兵卫接受命运，与真一分离。
真一失踪后，其父晓四处寻找，发现了一封真一的信，写着“我现在到了天正二年的世界”。晓和妻子美佐子穿越时空来到春日城，与真一一家重逢，却无法回到现代。三人受到康网的热情接待，晓向康网讲述了许多现代的事。
得知未来春日国和大国的命运，康网改变心意，回绝了廉姬的政治联姻。高虎大怒，率大军压境。面对即将奔赴沙场的又兵卫，廉姬第一次说出了自己的心意：“如果你活着回来，我会自由地生活，和你一起。”
最终，有情人能否终成眷属？真一一家又能否回到现代？
